Wykład z Biologicznych Mechanizmów Zachowania II, II semestr psychologii na Uniwersytecie Warszawskim. Notatki służą powtórce przed egzaminem
|
Dział genetyki, zajmujący się badaniem chromosomów
Kształt, liczba, dziedziczenie
|
|
Zmienność pojedynczej pary zasad
Mutacje punktowe/ SNPs
|
|
Niewielkie insercje/delecje
- Mikrosatelity/ minisatelity
- Copy Number Variation |
|
Ruchome elementy
Retrotranspozony (300bp-10kb)
|
|
Zmienność liczby kopii o dużej skali (>10 kb)
- Delecje/ amplifikacje dużej skali
- Duplikacje segmentowe |
|
Lokalne przekształcenia
|
|
Zmienność chromosomalna
Translokacje, insercje itp.
|
|
Mutacja w genie, polegająca na zmianie pojedynczego nukleotydu
Może powstać w wyniku substytucji, delecji lub insercji pojedynczego nukleotydu [Wikipedia]
|
|
Polimorfizm genetyczny
Występowanie w populacji dwóch lub więcej form danego genu- alleli z częstością większą niż oczekiwana, wynikającą z ogólnej częstości mutacji w danej populacji
|
|
Polimorfizm występuje, gdy najrzadszy wariant alleliczny w danym locus występuje z częstością większą niż 1%
|
|
Polimorfizm jest efektem zmian sekwencji DNA, tak jak mutacja
|
|
Single Nucleotide Polymorphism
Polimorfizm pojedynczego nukleotydu
|
|
Mikrosatelity (STR)
Sekwencje zawierające 10-50 powtórzeń motywu o długości 1-6 par zasad
|
|
Minisatelity (VNTR)
Sekwencje zawierające do kilkudziesięciu powtórzeń motywu o długości 9-80 par zasad
|
|
Amplifikacje lub delecje, o wielkości 1 kpz lub większej, w różnych częściach genomu
|
|
Zmienność dotyczy różnych genów
|
|
Każdy posiada CNV, z częstością poniżej 20%
|
|
Różnimy się bardziej pod względem CNV niż SNP
|
|
Asocjacja (powiązanie)
Współwystępowanie allelu umiejscowionego w konkretnym locus z badaną cechą powyżej poziomu oczekiwanego jako przypadkowy
|
|
Badania asocjacyjne prowadzone są na poziomie populacyjnym lub prze zastosowaniu schematów rodzinnych
|
|
Kliniczno- kontrolne
- Wybranie odpowiedniej grupy przypadków o określonym statusie choroby
- Podział puli badanych na chorujących i grupę kontrolną - Ustalenie potencjalnych ekspozycji, które mogły wystąpić w przeszłości populacji [Wikipedia] - OR (Odds ratio)- Iloraz szans |
|
Przekrojowe
- Osoby o różnych genotypach porównywane pod względem wyników osiąganych na różnych wymiarach zachowania
|
|
Badanie genów kandydujących
- Do analiz wybierane są geny mające prawdopodobny związek z badaną cechą
- Związek oparty na danych fizjologicznych, biochemicznych, farmakologicznych - Np. dopaminergiczna teoria schizofrenii Carlssona, zakładająca dysregulację (nadaktywność) przekaźnictwa dopaminergicznego -- Pacjenci ze schizofrenią charakteryzują się zwiększoną podatnością na psychozomimetyczne działanie niektórych substancji powodujących zwiększone uwalnianie dopaminy |
|
Kliniczno- kontrolne
- Wybranie odpowiedniej grupy przypadków o określonym statusie choroby
- Podział puli badanych na chorujących i grupę kontrolną - Ustalenie potencjalnych ekspozycji, które mogły wystąpić w przeszłości populacji [Wikipedia] - OR (Odds ratio)- Iloraz szans |
|
Przekrojowe
- Osoby o różnych genotypach porównywane pod względem wyników osiąganych na różnych wymiarach zachowania
|
|
Badanie genów kandydujących
- Do analiz wybierane są geny mające prawdopodobny związek z badaną cechą
- Związek oparty na danych fizjologicznych, biochemicznych, farmakologicznych - Np. dopaminergiczna teoria schizofrenii Carlssona, zakładająca dysregulację (nadaktywność) przekaźnictwa dopaminergicznego -- Pacjenci ze schizofrenią charakteryzują się zwiększoną podatnością na psychozomimetyczne działanie niektórych substancji powodujących zwiększone uwalnianie dopaminy |
|
Objawy:
Zespół DiGeorge'a (zespół podniebienno-sercowo-twarzowy):
- Wady serca, podniebienia - Niedobór odporności - Trudności w uczeniu się |
|
Shizofrenia
25% dorosłych z delecją 22q11 ma objawy schizofrenii (Murphy i in., 2000)
|
|
Kandydujące geny:
- COMT
- PRODH -ZDHHC8 -ARVCF |
|
Katecholo-O-metylotransferaza
|
|
Meta-analizy wskazują na związek zmienności COMT ze schizofrenią
|
|
Genome-wide association studies
Całościowe genomowe badanie asocjacyjne
|
|
Badanie powiązań z SNPs (do 2 mln jednocześnie)
Wybór specyficznych SNPs (MAF > 5%; brak LD)
|
|
Wykonywane z użyciem mikromacierzy
1. Wytworzenie mikromacierzy- naniesienie na płytkę gotowych/zsyntetyzowanych in situ sond długości 25-70 nukleotydów
2. Analiza ilościowa |
|
Wykres Manhatan
Często używany do wizualizacji GWAS
|
|
Ganna i in., 2019
- Badanie na 477 tys. uczestników
- Zlokalizowanie 5 loci, znacząco związanych z zachowaniami seksualnymi z osobami tej samej płci - DOI: 10.1126/science.aat7693 |
|
Poligenowy wskaźnik ryzyka
Używany do określenia stopnia ryzyka genetycznego w predykcji wystąpienia danej cechy (zaburzenia)
|
|
Liczba wariantów ryzyka, związanych z daną cechą, występujących u osoby z badanej próby, przy uwzględnieniu wag dla wielkości efektów związków tych alleli z cechą w próbie pierwotnej
|
|
np. PRS dla uzależnienia od alkoholu a czas wystąpienia pierwszych objawów
Wyższy wynik od mediany- szybszy spadek prawdopodobieństwa uniknięcia objawów
|
No comments yet.
Cheatography n. The art of mapping complex subjects into clear, instantly navigable reference guides.
